U cilju unapređenja odnosa između Republike Srpske i tadašnje Republike Jugoslavije 1992. godine osnovan je Ekonomski biro u Beogradu, koji je 1993. godine transformisan u Biro Republike Srpske u Saveznoj Republici Jugoslaviji.
Biro je obavljao poslove koji su se odnosili na: unapređenje i razvijanje političkih, ekonomskih, kulturnih i drugih odnosa sa SR Jugoslavijom, kao i poslove na pružanju pomoći izbjeglicama, koordinaciji poslova u zaštiti boraca, ratnih i mirnodobskih vojnih invalida i njihovih porodica, kao i civilnih žrtava rata.

1996. godine Biro se transformisao u Predstavništvo Republike Srpske u SR Jugoslaviji.

Odlukom Vlade Republike Srpske iz 2002. godine Predstavništvo Republike Srpske u SR Jugoslaviji dobija svoj konačan oblik i status.
Osniva se Ustanova za unapređenje ekonomske, naučno-tehničke, kulturne i sportske saradnje između Republike Srpske i SR Jugoslavije. Ustanova se osniva sa ciljem da obavlja poslove za potrebe Republike Srpske iz oblasti ekonomske, naučno-tehničke, kulturne, socijalne, informativne, prosvjetne, sportske i druge saradnje sa subjektima u SR Jugoslaviji, kao i poslove u vezi sa primjenom Sporazuma o uspostavljanju specijalnih paralelnih odnosa između Republike Srpske i SR Jugoslavije.
Za direktora Ustanove postavljen je Mlađen Cicović, a sjedište Ustanove se nalazilo u Dečanskoj ulici broj 8 u Beogradu.

U novembru 2008. godine, uz prisustvo najviših zvaničnika Republike Srpske i Srbije, svečano su otvorene nove prostorije Predstavništva koje se nalaze u Ulici Bulevar despota Stefana broj 4/IV.

Danas Predstavništvo nastoji da, na najbolji način, predstavlja i promoviše Republiku Srpsku i doprinosi unapređenju saradnje u svim oblastima stvarajući čvršće veze između institucija i građana Republike Srpske, odnosno Bosne i Hercegovine i Srbije.