У циљу унапређења односа између Републике Српске и тадашње Републике Југославије 1992. године основан је Економски биро у Београду, који је 1993. године трансформисан у Биро Републике Српске у Савезној Републици Југославији.
Биро је обављао послове који су се односили на: унапређење и развијање политичких, економских, културних и других односа са СР Југославијом, као и послове на пружању помоћи избјеглицама, координацији послова у заштити бораца, ратних и мирнодобских војних инвалида и њихових породица, као и цивилних жртава рата.

1996. године Биро се трансформисао у Представништво Републике Српске у СР Југославији.

Одлуком Владе Републике Српске из 2002. године Представништво Републике Српске у СР Југославији добија свој коначан облик и статус.
Оснива се Установа за унапређење економске, научно-техничке, културне и спортске сарадње између Републике Српске и СР Југославије. Установа се оснива са циљем да обавља послове за потребе Републике Српске из области економске, научно-техничке, културне, социјалне, информативне, просвјетне, спортске и друге сарадње са субјектима у СР Југославији, као и послове у вези са примјеном Споразума о успостављању специјалних паралелних односа између Републике Српске и СР Југославије.
За директора Установе постављен је Млађен Цицовић, а сједиште Установе се налазило у Дечанској улици број 8 у Београду.

У новембру 2008. године, уз присуство највиших званичника Републике Српске и Србије, свечано су отворене нове просторије Представништва које се налазе у Улици Булевар деспота Стефана број 4/IV.

Данас Представништво настоји да, на најбољи начин, представља и промовише Републику Српску и доприноси унапређењу сарадње у свим областима стварајући чвршће везе између институција и грађана Републике Српске, односно Босне и Херцеговине и Србије.